《微生物学通报》1974年创刊，月刊，是中国科学院微生物研究所和中国微生物学会共同主办，中国科学院主管，国内外公开发行，以微生物学应用基础研究及高新技术创新、应用为主的综合性期刊。刊登内容涉及工业、环境、农业、食品、兽医、药物、医学微生物学，微生物蛋白质组学、功能基因组、工程与药物、技术成果产业化研究，以及微生物学教学研究改革等诸多领域。

本刊为中文核心期刊，曾获国家优秀科技期刊三等奖，中国科学院优秀科技期刊三等奖，并在新闻出版署设立的“中国期刊方阵”中被列为“双效”期刊。

据中国科学技术信息研究所统计，本刊2012-2015年以国内“微生物、病毒学类期刊”综合评价总分第一名而连续4年获得“百种中国杰出学术期刊奖”，并入选300种“中国精品科技期刊”，成为“中国精品科技期刊顶尖学术论文（F5000）”项目来源期刊。《微生物学通报》2014年获得中国科学院科技期刊三等出版基金资助；2015年获得中国科协精品科技期刊工程项目资助。